過去，有個神秘男孩使用不可思議的妖怪手錶作戰，然而這名男孩始終會成長為大人，並且漸漸失去看見妖怪的能力。30年後，原本和平安詳的日常卻遭受突如其來的彗星威脅，妖怪病毒趁機肆虐使人們感染「惡意」，病毒也因此而無線增殖擴散。全新的妖怪手錶將會找出被選召的孩子，與他一同展開全新冒險…